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朱熹在武夷山生活了整整50年。六曲，武夷山的景点荟萃的绝妙去处，曾经留下朱熹亲笔书写的摩崖石刻“逝者如斯”，还留下他的后代崇拜者——明兵部侍郎陈省的巨幅摩崖石刻：“空谷传声”。
逝者如斯。朱熹从15岁到55岁的生涯像流经这里的武夷九曲水一样，淘尽泥沙之后，显得格外圣洁平静，就像著名学者赵朴初咏叹的那样：“沧浪之水，可以濯我缨！”
空谷传声。朱熹从15岁到55岁在武夷山的生涯是他著述讲学的最鼎盛时期。他为学之道、生活之论以及纵横评说时政之语，绝大部分汇入了《朱子语类》、《四书集注》以及《朱子大全》等之中。
让我们回顾一下朱熹在武夷山的半个世纪的生涯吧！
南宋绍兴十三年（1143年），14岁。朱熹家里突然发生了不幸的变故。父亲朱松病逝。其父弥留时将后事托付给武夷山籍的挚友刘子羽，要朱熹拜刘子羽为义父，并要儿子跟随义父到武夷山麓的开耀乡五夫里拜谒世居那里的理学宿儒胡宪、刘勉之、刘子翚为师。他说“籍溪（五夫里的别称）胡原仲（胡宪）、白水刘致中（勉之）、屏山刘彦冲（子翚），此三者，吾友也，其学皆渊源，吾所敬畏。吾即死，汝往父事之，而唯其言是听，则吾死不恨矣！"（民国《崇安县新志》）
朱熹奉母迁居武夷山五夫里之后，受朱松遗命重托的刘子羽就为孤儿寡母构建了紫阳楼，以供止宿读书之便。
刘子羽是当时抗金名将。他的父亲刘韐死节于靖康之难。刘子羽亟报国难家仇，为此，奋力抵御金兵入侵，转战陕西，开辟第二战场，力保南宋江山，立下赫赫战功，因而得罪了投降派头子秦桧，遂于岳飞被害的第二年，即绍兴十二年（1142年），惨遭秦桧一伙陷害，被迫罢官在家闲居。朱松向他委以托孤重任之时，他已在家乡五夫里赋闲两年。他的幼弟刘子翚，即朱松要儿子师事的三位贤儒之一的刘彦冲，当时也积愤息影于五夫里屏山下著书立说。这一年，刘子羽之子刘珙，初试锋芒，中了进士，正踌躇满志，誓欲继承乃祖、乃父、乃叔的未竟事业。祖孙三代，功勋卓著，为世人所瞩目。据崇安五夫里《刘氏宗谱》记载，五夫里刘氏是刘邦之弟楚元王刘交之裔，世代显赫，至刘子羽时，在社会上权势尚大，祖业也很富足，家学更有渊源。这正是朱松临终托孤的意旨。刘氏家族斯文一脉，世代相承。刘珙后来还任过参知政事（相当于副宰相）之职，并与乃祖乃父、乃叔共膺“三忠一文”的美谥。忠显君刘韐、忠定公刘子羽、忠肃公刘珙和文靖公刘子翚的凛然正气和道德文章熏陶着幼年的朱熹，使他迅速脱颖而出。
绍兴十八年戊辰（1148年），19岁。朱熹从武夷山的五夫里奔赴临安应试，一举喜登进士第（王佐榜第五甲第九十名）。
绍兴二十一年辛未（1151年），22岁。朱熹被授左迪功郎，泉州同安主簿，但直到24岁才正式赴任。
绍兴二十三年癸酉（1153年），24岁。朱熹在赴任同安主簿的路途中访问并受学于延平学者李侗。据《朱子年谱》记载：“按朱熹之学，初无常师，出入于经传，或泛滥于释老。自谓见李先生后，为学始就平实，乃知向日从事释老之说皆非。此后，绍兴二十八年、三十年、三十二年，先后见李侗问学。汪应辰称，朱熹师事延平，久益不懈。每一去而复来，则所闻必益超绝。”
绍兴二十七年丁丑（1157年），28岁冬，同安主簿四考满，朱熹罢归。（见《朱子年谱》）
朱熹自同安县任职届满后，即在家乡崇安五夫里著述讲学，时光荏苒，一晃就是20年，一直到淳熙六年（1179年）他50岁才第二次出任官职——知江西南康军。基于对奸臣当道的憎恨，20年之内他屡辞赴京任官共三次，即隆兴元年（1163年）他３４岁时辞去武学博士之职；乾道五年（1169年）40岁时辞去枢密院编修官之职；淳熙三年（1176年）他47岁时辞去秘书省秘书郎之职。20年之中，他都以祠官身份闲居武夷山和建阳讲学著述。他所担任的祠官按顺序排列为：①绍兴二十八年（1158年）十二月至绍兴三十二年（1162年）五月监潭州南岳庙；②绍兴三十二年六月至隆兴元（1163年）十二月，再监潭州南岳庙；③乾道元年（1165年）五月至乾道三年（1167年）十二月，三监潭州南岳庙；④淳熙元年（1174年）六月至淳熙三年（1176年）六月，由左迪功郎升为左宣教郎（为文官三十七阶之第二十六级）主管台州崇道观（祠官之职也同时升擢，由监升为主管）；⑤淳熙三年（1176年）八月至淳熙五年（1178年）八月主管武夷山冲佑观。
朱熹出身贫苦，但致力于对圣学之志始终不移。为了奉亲养家，使自己能够安心著述和讲学，他只愿得到足以维持生计的祠官微禄。祠禄这项制度在宋朝颇为盛行。特别是南渡以来，“士大夫多流离困厄之余，未有阙以处之。”于是就广增祠官之设，“理为资任，意至厚也”。祠官是一种闲官，可以在家闲居，而俸禄少得可怜，但朱熹为了专心做学问，宁可数次辞掉朝官，而甘心祠禄养亲，过着极其清淡的生活。他的女婿、得意门生黄干撰写的《朱子行状》中曾经提到朱熹不得不祠禄养亲的一些鳞爪：“（朱子）以奉亲讲学为急。（绍兴）二八年请奉，监潭州南岳庙。”“先生自同安归，奉祠家居，凡二十年间贫困，不以属心”。朱熹自己也屡次提到不得不奉祠的苦衷：“且今贫病之迫已甚，旦夕当婉转请祠也。”乾道五年（1169年）朱熹给皇帝的奏折中，不无哀求地写道：“未任就道（指辞掉枢密院编修官），而家贫亲老，急于禄养……欲望钧慈与陶铸岳庙，差遣一次。”他在与知己的书信中，也多次倾吐了辛酸的祠禄生涯之苦楚，如他在《答刘子澄第八书》中写道：“如仆则债未尽偿，食米不足，将来不免永作祠官。”在他与周丞相必大的信中也写道：“熹自去年八月已失祠禄，今适綦年。贫病之态，不言可知。”可见朱熹数次请祠，仅仅是为了满足衣食的最低要求，然后安心做点学问。朱子固穷，也促成了他在理学上的刻苦追求。
朱熹自绍兴二十八年（1158年）十二月至淳熙五年（1178年）八月任祠官的20年之中（尚不计浙江任职之后的奉祠），循例在家乡崇安五夫里和建阳授徒讲学并潜心著述。朱熹在青年时代就颇有名气。早在喜中进士，未赴同安任职的几年内，就有一些学生慕名前来崇安五夫里向朱熹求教。当时朱熹年仅20，跟随熹最早成名的学子中，有后来被称为闽学干城的建阳人蔡元定（字季通）以及他的儿蔡沈（号九峰先生），还有后来成为朱熹女婿的闽县人黄干。他们师承朱熹之学，后来都成为配祀孔庙的圣人。武夷山麓的五夫里，人称为朱子理学的摇篮，这是言之不虚的。在五夫跟随朱熹从师成名的，还有建州的范念德和古田的林择之。他们经常侍奉朱熹出外讲学、求道、论辩，成为得意门生。此外，《嘉靖建宁府志》还记载了方来和刘火仑、刘炳兄弟以及翁易、地理学家祝穆等人在五夫受业于朱熹，遍游芦峰诸峰之事。
朱熹在武夷山奉祠养亲的期间内，发愤著书，甚至在他40岁痛丧兹母、庐墓守制期间还编成《家礼》一书。他还在墓庐向门徒授业，“丁母忧，学者听讲于墓庐”。这段《黄勉斋集》中的叙述，如实地反映了朱熹热心教育的感人情景。
朱熹母亲祝氏卒于朱熹幼子朱在出生的乾道五年（1169年），葬于建阳太平山麓。为了守制，朱熹在太平山麓建寒泉精舍，庐墓苦读。数年之后，还在建阳、崇安交界处的芦峰建了云谷书院，作为讲学著述之所，命名其室为晦庵。朱熹的名号“云谷老人”和“晦庵”即自此而定。他还为此写了著名的散文《云谷记》。文中尽抒其风景之幽：“草堂前，隙地数丈，右臂绕前起为小山，植以椿桂兰蕙，悄菁岑蔚；南峰出其背，孤园贞秀，莫与为拟。其左亦皆茂树修竹，翠密环拥，不见间隙。俯仰其间，不自知其身之高，地之回，直可以旁日月而临风雨也。堂后结草为庐，稍上山顶北望，俯见武夷诸峰，度风高不可久，乃作石台。”“盖此山自西北横出，以其脊为崇安建阳南北之境。”
为母尽孝守制期间，朱熹也时刻不忘严父的教诲之恩。宋乾道七年（公元1171年），朱熹42岁时，曾专程回到严父朱松任县尉的闽北尤溪县。当年，朱松曾在县尉署的东偏建立一室，取名“韦斋书室”。他忙完政务之后就到此室坐寝休息并课子读书。朱熹瞻仰遗址，思亲之念油然而生，在此挥毫亲书“韦斋旧治”四字以寄哀思。后人重镌的碑刻已修葺复原，树立在尤溪城内中心广场的左侧。碑刻笔力苍劲，运笔飞逸，蔚为壮观。
朱熹当年常常徒步穿梭于建阳与崇安之间。他讲学的屏山书院、寒泉精舍、云谷书院、兴贤书院，既是讲学的学堂，又是编书的山馆。他或携徒讲学，或优游解忧，或挟书著述……光阴荏苒，等身之著作渐备，20年内的著述甚丰，举其要者略述如下：
绍兴二十九年（1159年），30岁。朱熹校定《谢上蔡先生语录》，这是二程四大门人之一谢良佐的理学观点汇编。
隆兴元年（1163年），34岁。《论语要义》、《论语训蒙口义》成，后者为启蒙之书，迟完成于前者。前者是朱熹后来所著的《四书章句集注》之一《论语集注》的前身。
乾道三年（1167年），38岁。《大学解》初稿成。这是《四书章句集注》的最初草稿。
乾道四年（1168年），39岁，编《程氏遗书》二十五篇。《程氏遗书》为理学奠基人程颢、程颐言论之精华。
乾道八年（1172年），43岁。朱熹与门徒赵师渊共同编成《资治通鉴纲目》五十九卷。他把这部历史著作也纳入其理学体系之中，俾使历史事实也“会归一理”，即归于天理的裁断，使“为致知格物之学者”读之也能“慨然感于斯”。
同年，《八朝名臣言行录》编成。八朝即：太祖、太宗、真宗、仁宗、英宗、神宗、哲宗、徽宗。朱熹认为“国朝名臣言行之迹，多有补于世教。……摄取其要，聚为此录，以便记览。”
同年冬十月，《西铭解义》成。该书注解了北宋理学家张载重要的理学著作《西铭》。《西铭》原为《正蒙·乾称篇》的一部分，张载曾于学堂双牖各录《乾称篇》的一部分。左书《砭愚》，右书《订顽》。后程颐将《砭愚》改称《东铭》，将《订顽》改称《西铭》。朱熹又把《西铭》从《乾称篇》中分出，加以注释，使成为独立一篇，即《西铭解义》。《西铭》提出“民吾同胞，物吾与也”的命题，把全宇宙看成一个大家庭，要求仁人爱物。朱熹在著述此书的前一年曾经力倡社仓法，并在著述之地——崇安五夫里躬亲推行。由此可见他的“仁人爱物”之心不仅仅是口头讲讲而已。
乾道九年（1173年），44岁。这年朱熹守母制已满，遂回崇安五夫里家中从事著述，成果卓著。这年，他写了《太极图说解》、《通书解》、《程氏外书》、《伊洛渊源录》等书。《太极图解》是朱熹对北宋周敦颐的《太极图说》的发挥，后成为程朱理学的理论基础。《太极图说》仅２５０余字，是周敦颐对他自己所绘的“太极图”的说明。此图乃他利用道士的修炼之图改为天地万物生成之图式。他认为有象有形的二气和万物，都出于原始、绝对的实体“太极”，而“太极”就是无形无象的“无极”，由它产生出阴阳五行和宇宙间万事万物。“万物生生而变化无穷焉，唯人也，得其秀而最灵。”是一种“有生于无”的客观唯心主义。《通书解》是朱熹对周敦颐所著《通书》的诠释。《通书》共四十章，许多地方直接引用《易经》并加以发挥。其中心观念是“诚”。“诚”包括天道和人性两重意义，为人生最高准则。《伊洛渊源录》是朱熹关于理学源流的记述，是最早的理学史著作，为理学的开创及传衍明确了历史统绪。此书记载二程思想最详，并推其学派为理学正宗。《程氏外书》是朱熹继五年前完成之《程氏遗书》而补编成的另一部程氏著作。
淳熙元年（1174年），45岁。编撰《古今家祭礼》和《大学中庸章句》、《大学或问》。
淳熙二年（1175年），46岁。朱熹与来访的吕祖谦在建阳寒泉精舍共编《近思录》。这是一部读“四君子”之全书的撷英之作。“四君子”指周敦颐、程颢、程颐、张载，即理学发展初期的濂、洛、关派诸大儒。
淳熙四年（1177年），48岁，夏六月，《论孟集注·或问》成，冬十月《诗集传》成而序之。本年《周易本义》成。
朱熹自同安任满归家直至第二次宦游——知江西南康军，其间奉祠在家整整20年，竭尽全力地为阐扬理学而著述不已。从这些著述中我们可以看出，朱熹晚年集理学大成之《四书章句集注》最后定稿本已酝酿成熟。《四书章句集注》各个分本的草稿、初稿也已初具胚胎。
淳熙五年（1178年），49岁。秋，朱熹第二次出山，涉迹官场，知南康军。《朱子年谱》对此有记载：“六年（指淳熙六年）春，启行。至（江西）铅山俟命。陆九龄来访，朱熹作诗和其兄弟（指陆九龄、陆九渊）三年前鹅湖之韵。”诗云：“德义风流夙所钦，别离三载更关心。偶扶藜杖出寒谷，又枉篮舆度远岑。旧学商量加邃密，新知培养转深沉。却愁说到无言处，不信人间有古今。”（《收集》卷四）三月晦，到达南康县住所。冬，复建白鹿洞书院，作《白鹿洞书院揭示》。
淳熙八年（1181年），52岁。春二月，陆九渊自金溪来，到朱熹的住所，朱熹对这位学术上的反对派待之成礼。升白鹿洞书院讲席，讲君子小人喻义利章。闰三月，解绶东归，四到故乡武夷山。秋，提举浙东常平茶盐公事。
淳熙九年（1182年），53岁。正月，浙东永康学派的首领陈亮（同甫）到衢婺间访问朱熹，与之展开学术上的论辩，旬日而别。朱熹亦去永康访陈亮，自此迄至淳熙十四年的五年之间，两人书信往复，互相辩难。
这一年，朱熹在提举浙东常平茶盐公事时积极进行救灾工作。他巡历浙江东路各州县，赈济灾民，撤换了一批救灾不力或有不法行为的下属官员，接着坐镇台州，弹劾原台州知州唐仲友不法，一个月中连上六状，志在必得。但由于唐仲友与宰相王淮有姻亲关系，受到庇护，朱熹反遭弹劾，遂愤而辞职，返回武夷山，着手筹建武夷精舍。
淳熙十年癸卯（1183年），54岁。春，差主管台州崇道观，但未到任，在武夷山祠禄养亲。本年四月，在武夷山五曲溪畔兴建的“武夷精舍”落成。盛夏季节，学友门人应朱熹之约，盛会于武夷精舍。
武夷精舍落成后，朱熹专心致志地在山中讲学授徒，不间断的时间达四年之久。在此期间，他又两次被任命为祠官，即54岁时差主管台州崇道观；59岁时除直宝文阁，主管西京崇福宫，但他都未到任所，仅在家乡武夷山奉祠食禄。四年内的著作有《易学启蒙》、《孝经刊误》、《小学》、《小学题辞》等书。他在武夷精舍教学中，着重向学生讲授他二十年反复修改阐述的四书章句。授课之余，他又反复把所讲授的四书集句推敲修改，使这部著述的草稿日益完备。在此期间（淳熙十四至十五年）与陆九龄、陆九渊以及浙江永康派学者陈亮展开学术上的争论。《朱子年谱》载：“朱熹尝言，海内学术之弊，不过两说，江西顿悟，永康事功，若不极力争辩，此道无由得明。”
淳熙十六年（1189年），60岁。朱熹暂时告别了从教四年的武夷精舍，准备赴漳州任知州。
淳熙十七年（1190年），61岁。夏四月，朱熹到达漳州任内，刊行四经（《易本义》、《诗集传》、《书传》、《春秋传》）和在武夷精舍定稿的《四书章句集注》。
绍熙二年（1191年），朱熹62岁。长子朱塾病逝，朱熹因政事受挫，心灰意冷，遂以料理长子朱塾丧事为由，要求辞职奉祠，获准。这年五月回建阳料理长子朱塾的丧事，寓居徐市，并着手筹划从武夷山迁居建阳考亭事宜，以实现亡父朱松生前曾嘱托的定居考亭的意愿。
绍熙三年（1192年），63岁。据《朱子年谱》记载：朱熹“始筑室于建阳之考亭”。前此不久，他曾写信给好友吴伯丰，说到迁居之事：“此间（指考亭）寓居近市，人事应接倍于山间。今不复成回（武夷山）五夫，现就此谋人居，已买得人旧房，明年可移，目今且架一小书楼，更旬可毕工也。”迁居时，朱熹在武夷山亲撰《告家庙文》，委婉、悲愤地申述了迁居的原因：“熹罪戾于天，幼失所怙，只奉遗训，往依诸刘（指到武夷山五夫里投奔刘子羽、刘子翚兄弟和刘勉之）卜葬卜居，亦既累岁，时移岁改，存殁未安，乃眷此乡。性亦皇考所爱赏而欲卜之地。今既定宅，敢虔告，以妥祖考之灵。”
绍熙五年（1194年）五月，65岁。任潭州（今长沙）知州和荆南安抚史。同年七月，奉召赴临安，拟任焕章阁待制兼侍读，因得罪权臣韩侘胄，遂未任新职而罢归。同年十一月回到建阳考亭。从此真正息影山林，再未任职。
庆元二年（1196年），67岁。朱熹受到“庆元党祸”的突然袭击，使晚年平静如水的著述讲学生涯掀起了波浪。
这年二月，右正言刘德秀向宁宗皇帝奏申禁伪学。这是朱熹的政敌——韩侘胄之流“党同伐异”的一支毒箭。他们把朱熹及其学友、门人所共同创立的道学——考亭派诬为伪学。“欲加之罪，何患无词”，在此前一年，韩侘胄的党徒就公然宣称：“以道学自之，则有何罪！当名之‘伪’！” 伪学之禁由此而起。它又称为“庆元党禁”。
党祸伊始，朱熹身受其害，罢了祠禄，他的高徒蔡元定被迫徙（湖南）道州编管（即今之管制），连朱熹居住地——建阳的县令也被株连，被降级使用，永世不得作地方行政长官。庆元三年（1197年），朱熹的名字赫然列入五十九个伪学党人籍中的第五名。在他名字前，是相当于丞相职位的四人：赵汝愚、留正、周必大、王蔺。
伪学严禁期间，朱熹始终坚持在考亭讲学著述。风声紧逼，他应学友、门徒之请，外出讲学、游览，实则避祸，足迹遍及古田、泰宁、福州等处，留下许多不署名的翰墨。值得一提的是，他在运交华盖时仍然牵挂着武夷山，萦怀着曾经寓40年的五夫里，思念埋葬在五夫里的严父，为此，他在困顿中，仍然到崇安五夫里为其父迁墓到下梅寂历山。他在逝世前一年（庆元五年，1199年）所撰写的《朱松行状》云：“乃奉而迁武夷乡下梅寂历山中峰僧舍之北。”足证他临危而不改孝心。
在避祸的前后六年中，朱熹数次重返武夷山，详列年表如下：
绍熙五年（1194年），65岁。朱熹重返武夷精舍。当时，他迁居建阳已有两年。同年九月，朱熹因得罪了权臣韩侘胄，被罢了焕章阁待制和皇帝侍讲的官职，由门人从京城送归武夷。据《宋元学案》卷六十九记载：“朱子适忤韩侘胄归，（崇安张崇说）先生率僚友送诸武夷，会于（武夷）精舍，朱子为之张饮，尽欢，而书《乐府》一阕，命门人歌以赠。”朱熹所写的《乐府》内容惜未流传，亦未见《朱子文集》有此类诗歌以资参证，但从引文中的即席赋诗，引吭高歌，尽醉而欢的情景以及联系到“忤韩罢归”的背景来管窥他当时的心态，应该说朱熹是异常愤懑和不平的。另据《文艺知识大全》诠释，唐朝以后所兴起的新乐府运动是一些有识之士利用文学来揭露和批判现实的一种流派。朱熹当时所书《乐府诗》当属抨击权臣的诗作。
同年，朱熹在武夷含愤构思《水调歌头·沧洲歌》，并斟酌成篇。《水调歌头·沧洲歌》是朱熹晚年的一首著名词作，它寄托了作者壮志未酬，祸福无常，无意功名，有志立言的宏愿。从词作最后五个字的“吾道付沧洲”看来，当写于绍熙三年（1192年）在建阳创建沧洲精舍之后。从词的内容来分析，还可断定是被罢了皇帝侍讲之后。至于构思成篇的地点，当认定是在崇安，因为民国《福建通志·金石志》（卷十一）载有“沧洲歌，在崇安。”词如下：
富贵有余乐，贫贱不堪忧。谁知天路幽险，倚伏互相酬。请看东门黄犬，更听华亭清唳，千古恨难收。何以鸱夷子，散发弄扁舟。鸱夷子，成霸业，有余谋。收身千乘卿相，归把钓鱼钩。春昼五湖烟浪，秋夜一天云月，此外尽悠悠。永弃人间事，吾道付沧洲。
该志在注释中还写到：“《孙氏访碑录》云：（该碑系）朱子书。无年月。”由此足可认定此词系朱熹在武夷山之时所作。这首词表达了作者不满权臣充斥朝廷而欲献身继孔孟之绝学的意愿。
庆元元年（1195年），66岁。朱熹避祸到武夷山中，在冲佑观的观妙堂题壁明志。这一年。“伪学”虽尚未正式诏令禁止。但已有“山雨欲来风满楼”之势。是年，朱熹好友赵汝愚已被黜罢相。朱熹当时从建阳考亭回到“老家”武夷山，在冲佑观的观妙堂重刻先贤之诗，并题壁抒怀，《福建通志·金石志》卷十一载：“观妙堂李逊诗刻”在崇安，庆元元年。
人间何地寄衰翁，偶到神仙一隅中。
可是仙居谢圃客，船头何处避刚风。
溪口回舟未忍移，净坊听雨坐题诗。
余龄尚有寻真路，试与披云问风儿。
观妙东楹李公侍郎遗墨，语意清婉，字画遒劲，每至其下，辄讽玩不能去，然岁久剥裂，又适当设帐处，后数十年当不复可读矣！别为摹刻授道士，使陷置壁间，庶几来者得以想见前辈风度。李公弥逊，时以力抵和议出守临漳云。庆元乙卯正月甲庚朱熹书。
上述引文上半部分是李弥逊的原诗。李弥逊（1085-1153）年长朱熹45岁，也曾出守过漳州，当时朱熹还是孩提，而朱熹知漳州时，李弥逊已逝世了37年，宜乎朱熹称之为“前辈”。李之诗作，清婉中显见怨怒。朱熹只称其“清婉”，或系讳言之故。李弥逊是当时著名的爱国官吏。宣和末年，知冀州，时金兵犯河北，他率兵北守，邀击其游击。靖康二年（1127年）协助李纲平定建康周德叛乱。绍兴年间，朝廷与金和议，他力陈不可，因不满秦桧投降，多次上疏乞归田，遂知瑞州、漳州。绍兴十年（1140年）归隐连江西山。十二年（1142年）以阻和议落职。
上述引文下半部分是朱熹的“读诗之感想”。文中极力赞赏诗作，并褒扬其诗如其人，“得以想见前辈风度”。的确，李弥逊在投降派当权时屡遭贬谪，几无容身之地。“人间何地寄衰翁？”结论只能是：人间无处栖身，即使偶然来到仙境，而仙境却谢绝凡人，只得依依难舍地回归凡界，但逆风凛冽，怎能避开而免祸呢？
朱熹联想到自己当时的处境，不禁感慨万千，“辄讽玩不能去”，遂用心摹刻后交付道士，“使陷置壁间”，其意不言自明。
庆元年间（1198年），68岁。朱熹重返武夷五夫里迁葬父墓至寂历山。
庆元党禁期间（1195-1200年），66-71岁，朱熹仍经常在武夷精舍讲学授徒。
庆元党禁时，朱熹经常从建阳考亭的“沧州精舍”来归“武夷精舍”著述和讲学。对此，志书和一些书籍均有记载。如明朝徐表然的《武夷志略》载：“刘火仑与弟炳同学于朱子。庆元中，伪学禁兴，（刘氏兄弟）于武夷精舍旁建云庄山房，从朱子游。”《宋元学案》卷六十四也有记载：“辅广，字汉卿……（去武夷）问学于朱文公，留三月而后返。秋塘陈善有诗送之曰：‘闻说平生辅汉卿，武夷山下啜残羹。’言其用志坚苦也。伪学禁严，学徒多避去，先生不为动。”
武夷精舍构建于庆元党禁前的十余年（淳熙十年，1183年）。朱熹迁居建阳考亭之后，因忙于兴办沧州精舍，就把武夷精舍之事交给了门徒，但教学之举仍然不辍。庆元党禁后，涉嫌伪学者均不得奢望于举子业，而朱熹和门生们却不畏权势，宁肯放弃功名，也不肯放弃圣人之学。在党禁风声颇为紧张时，有人劝朱熹遣散学生关闭精舍，朱熹一笑置之。他不仅坚持在沧州办学，而且还经常到武夷精舍讲学。这足以说明他蔑视权臣、立志圣贤之学决心是坚定的。而他的学生在师长的激励下也多顶住了庆元党禁的高压，乐于从朱子交游。如前所述的刘火仑，在庆元党禁期间，他为继续向朱熹求教，甚至放弃官职，“迁连城令，改知闽县。伪学禁兴，归武夷山讲道读书，筑云庄山房，为终老之计。”（《宋元学案》卷六十九）
庆元年间（1196-1199），67-70岁。朱熹完成《楚辞集注》及其“后语”、“辨正”。
朱熹的楚辞研究系列《集注》、《后语》、《辨正》均著于庆元年间，这在《朱熹年谱》中均有记载，而写作的地点可断定为武夷山，因有南宋蔡哲《次朱夫子九曲棹歌原韵》为证：“五曲水溪秀且奇，就中佳趣有谁知？紫阳可识能清赏，夜拥寒炉注《楚辞》。”朱熹在武夷山写成《楚辞集注》，花费的时间较长，他自己在《楚辞集注序》里，曾经表明写作该书时特别注重在发明屈原微义。在《楚辞》的《离骚》篇里，屈原把自己远大的政治理想、高尚的品质和不屈不挠的斗争精神表达得淋淳尽致。在集注《楚辞》时，朱熹联系到晚年的遭际，内心深处产生了共鸣。为此，《紫阳朱氏宗谱》中写道：“时朝廷治（伪学）党人方急，丞相赵公（汝愚）谪死于永，先生忧时之意屡形于色，因注《楚辞》以见志。“
朱熹逝世前所写的《楚辞集注》的确是一部忧时之作。如果联系到他青年时代酷爱《离骚》，推崇屈原的事实来看，就更可以看出他的人品的过人之处。《紫阳朱氏宗谱》记载了他于21岁回徽州婺源祭祖扫墓时与乡人饮酒畅谈的情况：“时方酣，坐客以次歌诵，朱子独歌《离骚》经一章，音吐洪畅，坐客竦然。”歌为心声，言为心声，朱熹少年时独歌《离骚》和垂暮之年集注《楚辞》都表达了内心深处的愤慨之情，前者对秦桧误国十分愤怒，后者对韩侘胄擅权则更是“必欲杀之而后快”。
庆元六年（1200年），71岁。三月初，朱熹病情恶化，但仍坚持著述和授徒，晚上继续给精舍学生讲课，经常到半夜才休息。三月初七，在他病体奄奄一息之际，幼子朱在从武夷山麓五夫里赶来探视。初八日，朱熹进入弥留状态，精舍学子多人来探望，并含泪向师诀别，朱熹在遗书中，反复交代子婿们继续编著《礼书》等。初九午时初刻，朱熹溘然长逝，享年71岁。
绍熙元年（1200年）十一月二十一日，朱熹葬仪在建阳隆重举行。江、浙诸地经武夷山通往建阳墓地的吊客包括学友和生徒等络绎不绝。特别是与福建武夷山毗邻的铅山（上饶）一带，聚集着更多的吊客。韩侘胄党徒草木皆兵，极力拦阻。右正言施康年上奏说：“四方伪徒，聚于信上（即信州，今江西上饶），欲送伪师之葬。会聚之间，非妄谈时人长短，则谬议时政得失，乞下守臣约束。”但众吊客终于冲破封锁，经武夷山来到墓地送葬。伟大诗人陆游以极其沉痛的哀思，遥寄祭文。文曰：“捐百世起九原之思，倾长河注东海之泪。路修齿髦，神往形留。公殁不忘，庶其歆飨。”
嘉庆元年（1208年），朝廷终于在朱熹逝世八年之后追赠他为中大夫、宝谟阁学士，恩加通议大夫。又三年，朝廷废止伪学之禁，并以朱熹为太师，追封信国公。绍定三年（1230年）九月，改徽国公。淳祐元年（1241年）正月，下诏配祀孔庙。
庆元学禁解除以后，朱熹被谥为“文公”，与周敦颐的“元公”、程颢的“纯公”、程颐的“正公”、张载的“明公”、张栻的“宣公”并列，极为统治者所尊崇。随着理学统治地位的确立，朱熹的地位不断上升。从元朝起，朱熹的《四书集注》及朱子学的经学注释，成为科举考试的依据。清朝学者全祖望从学术史的角度高度赞扬了朱熹，说是：“致广大，尽精微，综罗百代”（《宋元学案·晦翁学案》），为朱熹的学术地位作了鉴定。
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